조선 말 개화기의 보은 출신 정치가로 본관은 함종(咸從), 자는 성집(聖執), 호는 일재(一齋), 시호는 충숙(忠肅)이다. 아버지는 어약우(魚若愚)이다.

9세에 어머니를, 16세에 아버지를 여의고 어렸을 때부터 농사일을 하면서 밤에 독서를 하였다. 20세 때인 1868년(고종 5) 지방 유생 50명을 뽑아 바로 전시(殿試)를 볼 수 있게 하는 칠석제(七夕製)라는 자격시험에 장원급제하였다. 이듬해인 1869년 문과에 병과로 급제한 뒤 승정원의 주서로 임명되어 관리생활을 시작하였다. 뒤이어 헌납·교리·지평·필선을 거쳐 양산군수를 역임하였다.

1877년 전라우도암행어사로 임명되어 만 9개월간 전라도 일대를 고을마다 샅샅이 돌아다니면서 지방행정을 정밀하게 조사해 탐관오리들을 징벌하고 돌아왔다. 이때 전라도 지방 농민의 참상 원인이 조세수탈에 있음을 지적하고, 구체적 해결방안으로 잡세혁파, 지세제도(地稅制度) 개혁, 궁방전․아문둔전제도의 개혁, 환곡제도 폐지, 삼수포세(三手砲稅)의 폐지, 재결감세(災結減稅), 도량형의 통일 등 파격적인 개혁안을 내놓아 국왕과 대신들을 놀라게 하였다. 당시 이 개혁안은 채택되지 못하였으나 그 뒤 갑오경장 때 자신의 손으로 더욱 전진된 개혁을 단행하였다.

그는 1881년에 일본 국정시찰단인 신사유람단(紳士遊覽團) 60명을 일본에 파견할 때 조사(朝士)의 한 사람으로 선발된 이후 박정양(朴定陽)․홍영식(洪英植) 등과 함께 정계의 주요인물로 등장하였다. 1881년 4월 부산을 출발하여 나가사키(長崎)․오사카(大阪)․교토(京都)․고베(神戶)․요코하마(橫濱)를 거쳐 도쿄(東京)에 도착하고, 약 3개월간 일본의 메이지유신의 시설․문물․제도 등 모든 부분을 상세히 시찰하고 많은 자료를 수집하였다. 이해 7월 다른 조사들 귀국하였으나 그는 자기의 수행원인 유길준과 윤치호를 일본에서 더 공부하도록 남겨둔 뒤 다른 수행원만 거느리고 한달 더 일본에 체류했다가 청나라 톈진(天津)에 가 있는 영선사 김윤식(金允植)과 합류하기 위해 청나라로 갔다.

이 해 9월 청나라에 도착한 그는 영선사 김윤식과 공학도를 만나보고 중국의 개화정책을 견문하였다. 북양대신 이홍장(李鴻章) 등과 회담한 다음 이 해 12월 귀국하였다. 그는 1년간의 일본․중국을 견문한 사실과 조선의 개화정책을 위한 의견을 개진하여 국왕에게 복명서를 제출하였는데 이것은 초기 개화정책을 추진하는 데 큰 영향을 미쳤다.

1882년 다시 문의관(問議官)에 임명되어 청나라에 다시 파견되어 청나라의 이홍장이 준비한 조미수호조약의 초안에 대해 문의하였다. 동시에 청나라에 파견되어 있는 공학도들을 점검하였다. 그는 이해 4월에 청나라에서 조미통상조약 문제를 심의하고 조미수호조규에 합의하였다. 또한 영국대표와 만나 조영수호조규문제를, 독일대표와 만나 조독수호조규문제를 협의하였다. 톈진에 머물러 있는 동안 본국에서 임오군란이 일어났으므로 청군과 함께 귀국했다가 난이 평정된 뒤 다시 청나라에 파견되었다. 이때 불평등 조약인 조중상민수륙무역장정(朝中商民水陸貿易章程)에 조인하는 굴욕을 겪었으며 이로 인하여 종래 청나라에 대하여 비교적 호의를 가지고 있던 그의 견해가 냉담하게 변하게 되었다.

1883년에는 서북경략사(西北經略使)로 임명되어, 조중수륙무역장정에 의거한 북방무역에서 조선 측의 이익을 증진시키며 국경을 튼튼히 하기 위한 노력을 전개하였다. 이해 3월에 청나라 측과 중강무역장정(中江貿易章程)을 협정하였다. 6월에는 회령통상장정(會寧通商章程)을 협정했으며, 도문강(圖門江)과 두만강의 국경지대를 조사하였다. 그의 이러한 활동의 공로가 인정되어 1884년에 서북경략사와 함께 처음에는 병조참판, 뒤에는 호조참판을 겸임하였다. 이 무렵의 그는 20개조로 된 과감한 정부기구개혁안을 제출하기도 하였다.

1893년에 동학도들이 보은집회를 열고 교조신원(敎祖伸寃)과 척왜양창의(斥倭洋倡義)를 천명해 호서․호남지방이 동요하게 되자 양호순무사(兩湖巡撫使)로 임명․파견되었다. 당시 관료들이 모두 동학도들을 비도(匪徒)라고 탄압하려는 분위기 속에서 어윤중은 처음으로 동학도들을 대담하게 ‘민당(民黨)’이라고 하여 그들의 요구에 동정을 표시하였다. 이로 인해 동학농민들로부터는 지지를 얻고 관료들로부터는 빈축을 샀다.

1894년에 갑오경장 내각이 수립되자 김홍집 내각과 박정양 내각에서 탁지부대신(度支部大臣)이 되어 재정․경제부문의 대개혁을 단행하였다. 특히, 그의 잡세 혁파 및 무토궁방세 혁파와 조세법정주의에 의거한 조세제도의 개혁은 농민층의 부담을 크게 경감시켰다. 갑오경장 중에는 고종과 민비의 작은 요청도 법률에 어긋난 것은 모두 거절하였다. 또한 일본이 300만 원의 차관을 일본 화폐로 주는 것을 제의하자 은(銀)이 아니면 받지 않겠다며 거절하였다.

갑오경장의 재정․경제부문의 전반적 대개혁은 그가 중심이 되어 단행되었다. 1896년 2월 아관파천(俄館播遷)에 의해 갑오경장 내각이 붕괴되자 대부분의 각료들이 국외로 망명하였다. 그러나 어윤중은 김홍집과 함께 일본으로의 망명을 거절하고 고향인 보은으로 피신하였다. 어윤중은 자신이 농민들로부터 지지를 얻고 있었으므로 고향으로의 피란이 안전할 것으로 생각하고 있었다. 그러나 그가 경기도 용인을 지날 때 산송문제(山訟問題)로 원한을 품은 향반 무리가 머슴을 동원하여 기습, 1896년 2월 17일 49세의 나이로 피살되었다.

저서로는 『동래어사서계(東萊御史書啓)』․『수문록(隨聞錄)』․『서정기(西征記)』․『간독요초(簡牘要抄)』․『종정연표(從政年表)』 등이 있다. 1979년에 아세아문화사에서 『어윤중전집』이 간행되었으며 삼승면 선곡리에 그가 살던 집은 지방문화재로 지정되어 있다. 1910년에 규장각대제학에 추증되었다.